| 广告联系 | 繁体版 | 手机版 | 微信 | 微博 | 搜索:
欢迎您 游客 | 登录 | 免费注册 | 忘记了密码 | 社交账号注册或登录

首页

温哥华资讯

温哥华地产

温哥华教育

温哥华财税

新移民/招聘

黄页/二手

旅游
搜索:  

 论坛通告:  请不要上传第三方有版权的照片,请尊重版权,谢谢   转载新闻请务必注明出处,这些媒体请不要转,谢谢   批评商家需要注意  
 个人空间: XY | lxls | 猪头看世界 | 顾晓军 | NotmeL8 | 静观云卷云舒 | 吕洪来的个人空间 | 罗蓬特机器人 | 我的退休生活 | 格局 | 禅人俗事 | 一袭绛襦落鹏城,疑似玄女下九天 | 客观中立而实事求是,唯服理据而杜绝辱骂 | 白龙王许道长 | 湖里湖涂 | 天涯逐梦 | My AI Tech Channel | Invisible world | 逸言堂 | 真情Z下海
 最新求助: 请问谁知道哪里有卖理发的电动推子?   忽然有个疑问:战争时期,加拿大拿PR卡未入籍的永久居民会被强制服兵役吗?   这个银条   如何修改会员名?
 论坛转跳:
     发帖回帖获取加西镑, 兑换精彩礼物

论坛首页 -> 温哥华不眠夜

ZT:铁的事实:新冠病毒来自实验室。 (发表于3年前)

分页: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10  下一页  



回复主题  图片幻灯展示  增添帖子到书签中  给帖子中的发贴者批量赠送献花或者花篮    |##| -> |=|        发表新主题
阅读上一个主题 :: 阅读下一个主题  
作者 正文
TakeEasy
(只看此人)




文章 时间: 2021-6-11 13:21 引用回复
本文完整标题:新冠刺突蛋白受体结合域决定感染人类能力的五个关键氨基酸是实验室定向选择的结果。

写作本文的目的是指出如下发现、事实或判断:
1。rs3367、rsSHC014、CoVZC45、Sars-Cov是四个与新冠(SARS-CoV-2)来源相关的重要冠状病毒。

2。新冠刺突蛋白受体结合域决定感染人类能力的五个关键氨基酸(残基)与上述四个病毒对应位置处的氨基酸(残基)存在清晰的参照关系。

3。新冠五个关键氨基酸中,
第五个与Sars-Cov、rs3367及CoVZC45对应位置处的氨基酸相同,为酪氨酸Y;
第四个与rs3367对应位置处的氨基酸相同,为天门冬酰胺N;
第二个亦与rs3367对应位置处的氨基酸相同,为苯丙胺酸F;
第三个关键氨基酸是麸酰胺酸Q,它虽然与另外四个病毒对应位置处氨基酸都不相同,但rsSHC014的第三个关键氨基酸是精胺酸R,麸酰胺酸Q与精胺酸R是理化性质相似,可相互替换的关联氨基酸;
第一个关键氨基酸是亮氨酸L(白氨酸),它也与另外四个病毒对应位置处氨基酸都不相同,但它与这些对应位置处氨基酸的电场、电离性质接近,五个病毒的第一个关键氨基酸要么是电荷分布均匀的非极性氨基酸,要么是不带电荷的极性氨基酸。

4。新冠的五个关键氨基酸中,有三个与rs3367的对应氨基酸相同,即新冠与rs3367的第五、第四、第二关键氨基酸相同。这样的重复度,无法用自然、偶然二字来解释。新冠的五个关键氨基酸,可能是基于rs3367的五个关键氨基酸,替换掉第三、第一个关键氨基酸之后得到的。

5。在五个关键位置上,新冠与Sars-Cov的对应氨基酸只在第五个位置上相同,在其它四个位置上两者的氨基酸都不相同,但援引相关论文,这四对相异氨基酸每一对的疏水性和静电极性都非常相似;

6。援引相关论文,新冠和Sars-Cov虽然有四个关键氨基酸的不同,但两者RBD(受体结合域)的3-D结构几乎没有明显差异,或者说,两者RBD的空间形态高度同构;而且,在与人类受体的接触界面上,两个RBD结构体的范德华力(一种分子间的电性引力)和静电作用效果非常相似;

7。基于第5点,新冠与SARS一样,也能与人类细胞受体ACE2发生强相互作用并良好结合,从而具有不亚于SARS的人体细胞感染能力。

8。新冠刺突蛋白RBD决定人类感染能力的五个关键氨基酸不是随机突变、无目的进化产生的,它们是基于明确的设计目标,参照、借鉴、复用特定病毒的关键氨基酸,人为确定的。用于新冠设计、改造的参照病毒rs3367、rsSHC014是具备跨物种传播能力,并可感染人体细胞的两个罕见而特殊的冠状病毒。

我要衷心感谢所有关注本文,参与讨论,指出文中错误、不当,予我批评、建议的读者朋友们。

同时,我也非常非常希望,科学、学术界的同仁、朋友们,能够注意到本文,对上述发现、事实、判断予以核查、确认或批驳,以澄清真相,及展开更深入的研究。

下面,我们从一对姐妹病毒说起吧。

姐妹病毒:CoVZC45、CoVZXC21是已知的与新冠病毒(SARS-CoV-2)血缘关系最接近的两个冠状病毒。类SARS冠状病毒CoVZC45,2017年2月分离自舟山蝙蝠,基因序列2018年1月上传至国际基因库,全名为bat-SL-CoVZC45,GenBank ID为:MG772933.1。它的姐姐类SARS冠状病毒CoVZXC21,2015年7月分离自舟山蝙蝠,与妹妹CoVZC45同一天上传至国际基因库,全名是bat-SL-CoVZXC21。

CoVZC45与新冠(SARS-CoV-2)基因组(基因序列)的相似度是87.5%(我用Blast比照的结果是89.12%),CoVZXC21与SARS-CoV-2的相似度是87.3%。这对姐妹彼此的相似度是97.48%。在绝大多数情况下,有关CoVZC45的内容同样适用于CoVZXC21。

相比之下,SARS-CoV(非典、萨斯)与SARS-CoV-2的相似度只有78.7%,比姐妹病毒低近10个百分点。


Sars-Cov(红)、CoVZC45(蓝)、CoVZXC21(紫)与Sars-Cov-2(2019-nCov)基因序列一致性对照图


RaTG13、Sars-Cov、CoVZC45、WIV1等冠状病毒与Sars-Cov-2(2019-nCov)基因序列一致性对照图。2019-nCov是新冠的早期命名。

最近媒体频频提起的RaTG13不是新冠的近亲。RaTG13与SARS-CoV-2相似度虽然高达96.2%,但它只有基因序列,没有病毒毒株实证,它的基因序列是所谓“分析得出”的,很可能就是人为“创作”出来的,它没有严肃的证据价值和学术讨论价值;而且,就算它真实存在,它与新冠也没有时间进化关系,新冠不可能由它进化而来。关于RaTG13与新冠的进化无关性,南方医科大学2020年2月20日的论文“新型冠状病毒SARS-CoV-2的变异和进化分析”已经给出了明确说明。该论文的一个地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7086142/

如果新冠是自然进化产生的,它最可能是由CoVZC45或它的姐姐进化而来的,这也是新冠进化最近、最快捷的途径。但是这对姐妹病毒与新冠之间,仍然横着一道进化的天堑。观察前面两个插图,可以注意到,除RaTG13外,图中其它病毒与新冠在S蛋白位置都存在着鸿沟般的巨大(一致性)落差。姐妹病毒要进化为新冠,就必然完成诸多特定突变,消除它们与新冠在S蛋白上的显著差异。CoVZC45与新冠其它蛋白的相似度都不低于94%,但二者S1蛋白(S蛋白的前半部分)的相似度却猛降为69%。这决定了从CoVZC45到新冠的“演变”,是一个极不均衡、极为罕见、非常非常不自然的“自然进化”过程。而且,这一“自然进化”过程,居然只用了几年的时间就完成了(如果从姐妹病毒发现的时间算起)。

自然界的冠状病毒约有一百种,绝大多数天然冠状病毒不能进入人体细胞,无法感染人类。大自然设置了冠状病毒的传播屏障:将S1蛋白决定宿主感染能力的重要部位设置为高度保守区域,这些部位的氨基酸通常不会发生突变。S1蛋白重要部位的稳定性使绝大多数冠状病毒在漫长的岁月里始终无法跨越S1蛋白的进化天堑,只能感染固定的动物宿主,难以跨物种传播,感染人类。

冠状病毒能否进入宿主细胞,感染宿主,取决于它有没有打开宿主细胞的“钥匙”。如果有匹配的细胞钥匙,它就能与宿主细胞表面的相关受体(相当于细胞锁)结合,继而进入宿主细胞。冠状病毒的细胞钥匙就是它的S蛋白,即Spike蛋白,也叫刺突蛋白。刺突蛋白包括相连的两个部分(两个亚基),最外部的是S1蛋白,S1蛋白与病毒包膜之间的是S2蛋白。S2蛋白相当于细胞钥匙的手柄部分,S1蛋白则相当于钥匙的齿面部分。S1蛋白中有一个区域叫做受体结合域(Receptor Binding Domain),简称RBD,是S1蛋白与细胞受体发生接触的部分,RBD就相当于齿面外侧的钥齿部位。RBD中有五个关键位置,它们决定刺突蛋白钥匙能否与宿主细胞表面的受体结合,这五个关键位置上的氨基酸就是决定能否打开宿主细胞的关键钥齿。






S1蛋白与宿主细胞受体(如ACE2)结合成功后,病毒可进而通过“胞吞”(如Sars-Cov)或“膜融合”(如Sars-Cov-2)两种方式之一进入宿主细胞。

可感染人类,并产生疾病症状的冠状病毒已知有7种,其中包括SARS(Sars-Cov)和新冠(Sars-Cov-2)。除这7种病毒外,还有两个很特别的冠状病毒:rsSHC014和rs3367,它们也能与人体细胞受体ACE2(Angiotensin Converting Enzyme2,血管紧张素转换酶2)结合,继而进入人体细胞,但却不会使人发病,而且对人体无害。

RsSHC014,也称作SHC014-Cov或SHC014病毒,GenBank ID为: KC881005.1。

rs3367,也叫WIV1病毒(SL-CoV-WIV1),GenBank ID为: KC881006.1。前面第二个贴图中出现过这个病毒。

RsSHC014、rs3367都搜集自云南昆明中华菊头蝠(亦称中华马蹄蝠)的肠道与粪便样本,其病毒株分离获得时间同为2011年4月,它们的基因序列上传至国际基因库的时间同为2013年4月。

RsSHC014、rs3367与SARS-CoV的基因组相似度均为95%,被认为极可能是SARS-CoV的自然进化来源。rs3367的RBD(Receptor Binding Domain,受体结合域)与SARS-CoV接近程度相当高,在RBD与宿主受体ACE2直接接触的14个位点中,rs3367与SARS-CoV在11个位点上氨基酸相同,虽然另有三个位点氨基酸不同,但rs3367仍能与hACE2(Human ACE2)良好结合并进入人类细胞。相比之下,在RBD14个直接接触位点中,RsSHC014与SARS-CoV在7个位置上氨基酸不同,但2015年秋拉尔夫·S·巴里克、Vineet D Menachery、石正丽、葛行义等人的著名实验证明,另外7个位点的相同氨基酸已经足以确保RsSHC014的刺突蛋白与hACE2结合。

rs3367是一种极不寻常的的冠状病毒,它具备强大的跨物种传播能力,它能感染的动物包括:人类、果子狸、貉、恒河猴、雪貂、水鼬、猫、蝙蝠、老鼠。

rs3367和RsSHC014是冠状病毒领域的重要研究对象,对它们的研究主要聚焦于其Spike蛋白,即刺突蛋白,到2016年春,对这两个病毒刺突蛋白的研究已经相当透彻。列举几个与rs3367或RsSHC014紧密相关的研究工作。

2013年10月, 石正丽、Peter Daszak、葛行义等人发表了一篇重要论文:”Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor”,论文地址:https://www.nature.com/articles/nature12711

该论文对rs3367(实验使用的SL-CoV-WIV1与rs3367有99.9%的序列一致性,本文将它们视作同一病毒)进行了深入研究,证实了rs3367或WIV1具有跨物种传播能力:可与细胞的ACE2受体结合,并以此进入人类、果子狸、中华马蹄蝠的细胞。该论文证实了,自然界中存在与Sars-Cov一样可跨物种传播的类Sars冠状病毒,它被认为是Sars-Cov起源于自然界的有力证明。

2015年11月,Ralph S Baric、Vineet D Menachery、石正丽、葛行义等人发表了著名的病毒合成实验论文,参与论文的包括美国、中国、瑞士三国的大学、研究机构、政府部门。论文地址:
www.nature.com/articles/nm.3985

这次研究最重要的实验成果是,用RsSHC014的刺突蛋白和Sars-Cov-MA15(一种实验室多次传代培育的可感染并使小鼠致病的Sars-Cov病毒变异体)的病毒主干合成了一种人工改造病毒,把不能使人、鼠发病的RsSHC014改造成了可使人、鼠致病,可使实验小鼠致死的危险嵌合病毒SHC014-MA15。这次实验为改造致病性病毒开创了道路,SHC014-MA15相当于Sars-Cov-2的一个早期原型,它们的基本原理是相同的,区别在于,Sars-Cov-2比SHC014-MA15技术上更复杂,功能更丰富、强大,也更具“自然进化”伪装性。

2016年3月,Ralph S. Baric、Vineet D. Menachery等人又发表了一篇研究rs3367(WIV1)的论文。论文地址:https://www.pnas.org/content/113/11/3048

这一次,研究者们用rs3367的刺突蛋白与Sars-Cov-MA15合成了另外一种嵌合病毒WIV1-MA15。实验证明,WIV1-MA15能够感染人体细胞,在呼吸道、体内大量复制并使人发病,但症状不及Sars严重。这是Ralph S. Baric、Vineet D. Menachery等人又一次使用嵌合方式改造出人类致病病毒,他们再一次研究了实验室改造病毒对人类的致病能力,以及对该病毒应用抗体治疗的效果。

上述两篇论文的第一作者都是Vineet D. Menachery,通讯作者都是Ralph S. Baric。二人都是北卡罗来纳大学教堂山分校的病毒学家、生物医药学家,同时,他们也都是瑞得西韦(Remdesivir)的研发人员。

从上述两篇病毒嵌合相关的论文我们可以得到一些启示。实验室改造病毒,使之跨物种传播的首要环节是换钥匙或配钥匙,也就是把不能打开人体细胞(即不能与人类细胞受体结合)的刺突蛋白(如CoVZC45或CoVZXC21的刺突蛋白),替换或改造成可打开人体细胞的刺突蛋白(如Sars-Cov、rs3367、rsSHC014的刺突蛋白)。要得到一把好用的“钥匙”,可以把钥匙整个换掉,也可以只换齿面或只修磨钥齿。可以只处理关键的几个钥齿,也就是改造刺突蛋白RBD(Receptor Binding Domain)中的五个关键氨基酸。

作了很长的铺垫,现在可以说新冠的五个关键氨基酸与rs3367、rsSHC014、Sars-Cov、CoVZC45的关键氨基酸之间的关联了。

新冠刺突蛋白RBD的五个关键氨基酸依次为:亮胺酸L(451),苯丙胺酸F(482),麸酰胺酸Q(489),天门冬酰胺N(497)和酪胺酸Y(501)。氨基酸名称、缩写字母后的数字是该氨基酸在刺突蛋白的氨基酸序列中的序号。

CoVZC45对应位置上的五个关键氨基酸为:丝氨酸S(446),空缺,丝氨酸S(470),缬胺酸V(478),酪氨酸Y(482)。这二个病毒关键氨基酸的对照情况如下图:



不难发现,CoVZC45与新冠只有第五个关键氨基酸相同,同为酪氨酸Y,而且,CoVZC45第二个关键钥齿氨基酸缺失!如果CoVZC45要进化为新冠,它必须:
在第二个关键位置处突变增生出一个苯丙胺酸F;
将第一个关键钥齿-丝氨酸S(446)突变、进化为亮胺酸L;
将第三个关键钥齿-丝氨酸S(470)突变、进化为麸酰胺酸Q;
将第四个关键钥齿-缬胺酸V(478)突变、进化为天门冬酰胺N;
保持第五个关键钥齿-酪胺酸Y不变。

另外,可以看到,两个病毒S1蛋白关键钥齿有一定的序号错位,这是CoVZC45的刺突蛋白氨基酸序列相对较短造成的,这需要CoVZC45变异增生出一定数量的氨基酸,消除氨基酸序列长度差异及氨基酸序号错位,这无疑将加大CoVZC45进化为新冠的难度。

下面看看Sars-Cov、rs3367、rsSHC014这三个病毒的关键钥齿情况:
Sars-Cov的五个关键氨基酸为:酪氨酸Y(442),亮胺酸L(472),天门冬酰胺N(479),苏胺酸T(487),酪氨酸Y(491);
rs3367的五个关键氨基酸为:丝氨酸S(443),苯丙胺酸F(473),天门冬酰胺N(480),天门冬酰胺N(488),酪胺酸Y(492)。
rsSHC014的五个关键氨基酸为:色胺酸W(443),脯胺酸P(473),精胺酸R(480),丙胺酸A(488), 组胺酸H(492)。
提请读者们注意,精胺酸R、麸酰胺酸Q是一对理化性质相似,可以互相替换,不会显著影响受体结合性的氨基酸;组胺酸H与酪胺酸Y也是一对理化性质相似,可以互相替换,不会显著影响受体结合性的的氨基酸。

将五个病毒的关键钥齿情况汇总于下表。



从上表容易观察到:
1。在第五关键钥齿位置,前四个病毒的氨基酸都是酪胺酸Y,rsSHC014的相应氨基酸虽然是组胺酸H,但它与酪胺酸Y是可相互替换的氨基酸钥齿。这也许表明,在五个关键钥齿中,第五钥齿最核心,也最保守,是决定人类感染能力的最重要的一个钥齿氨基酸;
2。新冠的第五关键钥齿、第四关键钥齿、第二关键钥齿都与rs3367的对应关键钥齿相同,也就是说,新冠有三个关键钥齿和rs3367相同;
3。新冠的第三关键钥齿麸酰胺酸Q虽然与其它四个病毒都不相同,但它与rsSHC014的第三关键钥齿精胺酸R是可相互替换的氨基酸。

新冠的第一关键钥齿亮胺酸L的来历渊源还没有完全调查清楚。第一关键钥齿可能没有特别的参照来源,它可能是基于另外四个关键钥齿,从某一候选范围中选择、试验出来的。如果以某一候选氨基酸+其它四个关键钥齿的组合构造的RBD与人体细胞受体适配,那么该候选氨基酸就可以作为第一关键钥齿。

粗略考虑一下第一关键钥齿的候选范围。

五个病毒中,只有CoVZC45的刺突蛋白打不开人体细胞,其它四种病毒的刺突蛋白对人体细胞(受体锁)都有效。从上图第二列可见,除CoVZC45外,其它四个病毒的第一关键钥齿,相应的四个氨基酸依次是:亮胺酸L(Sars-Cov-2)、酪胺酸Y(Sars-Cov)、丝氨酸S(rs3367)、色胺酸W(rsSHC014)。

这四种氨基酸中,亮氨酸L,色氨酸W是电荷分布均匀的非极性氨基酸,丝氨酸S,酪氨酸Y则是不带电荷的极性氨基酸。也就是说,这四种能感染人的病毒,它们的关键钥齿氨基酸都是电荷分布均匀或电荷中性的,它们的电场、电离属性接近。

因此,可以先从电荷分布均匀或不带电荷的氨基酸中选择候选的新冠第一关键钥齿,符合这一条件的氨基酸共15种。这个范围可能偏大,可以考虑其它条件,先在更小的范围内选择。如,以Sars-Cov的第一关键钥齿-酪胺酸Y为基准,挑选与它的范德华半径差<=20,且疏水性、酸碱性相同的氨基酸。符合这一条件的氨基酸有4种:甲硫胺酸、亮胺酸、异亮胺酸、苯丙胺酸,最终入选新冠第一关键钥齿的亮胺酸也在其中。通过上述思路来挑选新冠第一关键钥齿,从而确定新冠的全部五个关键钥齿是完全可行的。

如果新冠是由CoVZC45自然进化产生的,那么,CoVZC45在五个关键钥齿部位的进化情况是:
在第二个关键钥齿处突变增生出与rs3367对应位置相同的苯丙胺酸F;
第四关键钥齿缬胺酸V(478)突变、进化为与rs3367第四关键钥齿相同的天门冬酰胺N;
第三关键钥齿丝氨酸S(470)突变、进化为与rsSHC014第三关键钥齿精胺酸R可互相替换的麸酰胺酸Q;
第一关键钥齿丝氨酸S(446)突变、进化为亮胺酸L;
保持第五关键钥齿酪胺酸Y(482)不变(但它的位置序号将变为501,它的前面将有若干新增生的氨基酸)。

上述四项突变、进化都发生在刺突蛋白的高度保守区域,通常,高度保守区域内的氨基酸是很少发生突变的。不论其它位置的突变,仅四个关键钥齿的突变,及其位置序号的准确改变,就是几十年、几百年、几千年。。。所无法完成的,更何况这四个关键钥齿不是随机突变成什么都行,而是各自都要变化成确定的氨基酸。

还有,舟山群岛冠状病毒CoVZC45,怎么偏巧就进化出了和云南冠状病毒rs3367、rsSHC014相同或可替换的关键钥齿?而这两个病毒,恰巧又是病毒学家们反复研究、实验过,对其了如指掌的病毒。该如何解释这些巧合?这样偶然又偶然的事,自然发生的几率有多大?

新冠决定人类感染能力的五个关键氨基酸不是随机突变、进化产生的,它们是基于明确的参照物rs3367、rsSHC014,人为设计,定向挑选、试验的结果。



简单概括一下,新冠五个关键钥齿可能的确定过程:
1。以参照病毒rs3367的五个关键钥齿为新冠关键钥齿的初始原型,并保持第五、第四、第二关键钥齿不变;
2。尝试替换掉第三关键钥齿-天门冬酰胺N。实验发现,参照病毒rsSHC014的第三关键钥齿精胺酸R,以及与精胺酸R可相互替换的麸酰胺酸Q均可作为替代者,换入新的第三关键钥齿后,RBD仍能与人体细胞受体良好结合。以麸酰胺酸Q为新冠的第三关键钥齿。
3。尝试替换掉第一关键钥齿-丝氨酸S。如前所述,在适当的范围内选择、试验候选氨基酸。实验发现,以亮胺酸L替换丝氨酸S后,RBD仍能与人体细胞受体良好结合。以亮胺酸L为新冠的第一关键钥齿。
至此,新冠的五个关键钥齿都已确定。

对比Sars-Cov 、新冠的五个关键氨基酸、RBD及hACE2结合效果:
1。新冠与Sars-Cov的五个关键钥齿氨基酸只有第五个相同,其它四个都不相同,但这四对相异氨基酸每一对的疏水性和静电极性都非常相似;
2。虽然有四个关键氨基酸不同,但两者RBD(受体结合域)的3-D结构几乎没有明显差异,或者说,两者RBD的空间形态高度同构;在与人类受体的接触界面上,两个RBD结构体的范德华力(一种分子间的电性引力)和静电作用效果非常相似;
3。与SARS一样,新冠的RBD也能与人类细胞受体ACE2发生强相互作用并良好结合,新冠具有不亚于SARS的人体细胞感染能力。


SARS-Cov与Sars-Cov-2刺突蛋白关键氨基酸异同,及空间结构示意图

与新冠、Sars-Cov二病毒RBD空间结构及受体结合能力有关的两篇论文。

论文一。2020年1月21日,来自中国科学院上海巴斯德研究所等单位的徐心恬、陈萍、王靖方等学者在SCIENCE CHINA Life Sciences(《中国科学:生命科学》)上发表了一篇论文,题为“源于武汉爆发的新型冠状病毒的进化及其棘突蛋白对人类传播风险的建模”(Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission)。论文地址为:
link.springer.com/cont...1637-5.pdf

论文指出:
a)尽管新冠与SARS-CoV二者S蛋白的总体同源性较低,但二者的RBD区域却有较高的同源性;
b)令我们惊讶的是,尽管替换了五个重要的界面氨基酸残基中的四个,但新冠仍与人体ACE2有着显著的结合亲和力;
c)进一步观察发现,新冠的S蛋白和SARS-CoV的S蛋白在RBD域具有几乎相同的三维结构,在相互作用界面上保持了相似的范德华力和静电性质。   

论文二。2020年2月19日,美国德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S McLellan团队,及国家过敏和传染病研究所的研究人员在Science杂志上联合发表了题为“Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation”的论文。论文地址为:
science.sciencemag.org.../6483/1260

论文指出:
a) 2019-nCoV与SARS-CoV的RBD存在一定的构象差异,但当按某一角度对齐时,二者就呈现出较高程度的结构同源性。
b) 两种病毒的S1蛋白与ACE2的复合体非常相似;
c) 2019-nCoV的S1蛋白与ACE2的结合亲和力是Sars-Cov的10-20倍。

最后,我们将关键钥齿的确定过程延展,设想一下新冠实验室改造的可能流程:
将CoVZC45的主干与Sar-Cov(或rs3367、rsSHC014)的(扩展)RBD嵌合,得到新冠的原型病毒。原型病毒已具备感染人的能力;
参照rs3367、rsSHC014的关键钥齿氨基酸,修改原型病毒的关键钥齿氨基酸,确定新冠最终的五个关键钥齿氨基酸;
参照rs3367、rsSHC014、Sars-Cov等病毒的RBD及S1蛋白,编辑新冠RBD及S1蛋白的其它位置,模糊嵌合操作痕迹;
进行其它功能增益(Gain-of-Function)改造,包括复制能力、扩散能力增强,设计、实现免疫破坏力、抗免疫能力、免疫干扰能力等等;
进行其它实验室改造痕迹模糊化修饰。

关于新冠的功能增益,我去年的一篇文章“新冠君,你额头的Lab金印洗得掉么?”的第3~第6部分中有一些总结,有兴趣的读者可参考。
 
(1)
花篮
分享


上一次由TakeEasy于2021-6-11 13:24修改,总共修改了1次
楼主 | 电梯直达
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 请关注北美中文网每周电器促销,优惠多多!
TakeEasy
(只看此人)




文章 时间: 2021-6-11 13:21 引用回复
写作本文的目的是指出如下发现、事实或判断:
1。rs3367、rsSHC014、CoVZC45、Sars-Cov是四个与新冠(SARS-CoV-2)来源相关的重要冠状病毒。

2。新冠刺突蛋白受体结合域决定感染人类能力的五个关键氨基酸(残基)与上述四个病毒对应位置处的氨基酸(残基)存在清晰的参照关系。

3。新冠五个关键氨基酸中,
第五个与Sars-Cov、rs3367及CoVZC45对应位置处的氨基酸相同,为酪氨酸Y;
第四个与rs3367对应位置处的氨基酸相同,为天门冬酰胺N;
第二个亦与rs3367对应位置处的氨基酸相同,为苯丙胺酸F;
第三个关键氨基酸是麸酰胺酸Q,它虽然与另外四个病毒对应位置处氨基酸都不相同,但rsSHC014的第三个关键氨基酸是精胺酸R,麸酰胺酸Q与精胺酸R是理化性质相似,可相互替换的关联氨基酸;
第一个关键氨基酸是亮氨酸L(白氨酸),它也与另外四个病毒对应位置处氨基酸都不相同,但它与这些对应位置处氨基酸的电场、电离性质接近,五个病毒的第一个关键氨基酸要么是电荷分布均匀的非极性氨基酸,要么是不带电荷的极性氨基酸。

4。新冠的五个关键氨基酸中,有三个与rs3367的对应氨基酸相同,即新冠与rs3367的第五、第四、第二关键氨基酸相同。这样的重复度,无法用自然、偶然二字来解释。新冠的五个关键氨基酸,可能是基于rs3367的五个关键氨基酸,替换掉第三、第一个关键氨基酸之后得到的。

5。在五个关键位置上,新冠与Sars-Cov的对应氨基酸只在第五个位置上相同,在其它四个位置上两者的氨基酸都不相同,但援引相关论文,这四对相异氨基酸每一对的疏水性和静电极性都非常相似;

6。援引相关论文,新冠和Sars-Cov虽然有四个关键氨基酸的不同,但两者RBD(受体结合域)的3-D结构几乎没有明显差异,或者说,两者RBD的空间形态高度同构;而且,在与人类受体的接触界面上,两个RBD结构体的范德华力(一种分子间的电性引力)和静电作用效果非常相似;

7。基于第5点,新冠与SARS一样,也能与人类细胞受体ACE2发生强相互作用并良好结合,从而具有不亚于SARS的人体细胞感染能力。

8。新冠刺突蛋白RBD决定人类感染能力的五个关键氨基酸不是随机突变、无目的进化产生的,它们是基于明确的设计目标,参照、借鉴、复用特定病毒的关键氨基酸,人为确定的。用于新冠设计、改造的参照病毒rs3367、rsSHC014是具备跨物种传播能力,并可感染人体细胞的两个罕见而特殊的冠状病毒。

我要衷心感谢所有关注本文,参与讨论,指出文中错误、不当,予我批评、建议的读者朋友们。

同时,我也非常非常希望,科学、学术界的同仁、朋友们,能够注意到本文,对上述发现、事实、判断予以核查、确认或批驳,以澄清真相,及展开更深入的研究。

下面,我们从一对姐妹病毒说起吧。

姐妹病毒:CoVZC45、CoVZXC21是已知的与新冠病毒(SARS-CoV-2)血缘关系最接近的两个冠状病毒。类SARS冠状病毒CoVZC45,2017年2月分离自舟山蝙蝠,基因序列2018年1月上传至国际基因库,全名为bat-SL-CoVZC45,GenBank ID为:MG772933.1。它的姐姐类SARS冠状病毒CoVZXC21,2015年7月分离自舟山蝙蝠,与妹妹CoVZC45同一天上传至国际基因库,全名是bat-SL-CoVZXC21。

CoVZC45与新冠(SARS-CoV-2)基因组(基因序列)的相似度是87.5%(我用Blast比照的结果是89.12%),CoVZXC21与SARS-CoV-2的相似度是87.3%。这对姐妹彼此的相似度是97.48%。在绝大多数情况下,有关CoVZC45的内容同样适用于CoVZXC21。

相比之下,SARS-CoV(非典、萨斯)与SARS-CoV-2的相似度只有78.7%,比姐妹病毒低近10个百分点。


Sars-Cov(红)、CoVZC45(蓝)、CoVZXC21(紫)与Sars-Cov-2(2019-nCov)基因序列一致性对照图


RaTG13、Sars-Cov、CoVZC45、WIV1等冠状病毒与Sars-Cov-2(2019-nCov)基因序列一致性对照图。2019-nCov是新冠的早期命名。

最近媒体频频提起的RaTG13不是新冠的近亲。RaTG13与SARS-CoV-2相似度虽然高达96.2%,但它只有基因序列,没有病毒毒株实证,它的基因序列是所谓“分析得出”的,很可能就是人为“创作”出来的,它没有严肃的证据价值和学术讨论价值;而且,就算它真实存在,它与新冠也没有时间进化关系,新冠不可能由它进化而来。关于RaTG13与新冠的进化无关性,南方医科大学2020年2月20日的论文“新型冠状病毒SARS-CoV-2的变异和进化分析”已经给出了明确说明。该论文的一个地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7086142/

如果新冠是自然进化产生的,它最可能是由CoVZC45或它的姐姐进化而来的,这也是新冠进化最近、最快捷的途径。但是这对姐妹病毒与新冠之间,仍然横着一道进化的天堑。观察前面两个插图,可以注意到,除RaTG13外,图中其它病毒与新冠在S蛋白位置都存在着鸿沟般的巨大(一致性)落差。姐妹病毒要进化为新冠,就必然完成诸多特定突变,消除它们与新冠在S蛋白上的显著差异。CoVZC45与新冠其它蛋白的相似度都不低于94%,但二者S1蛋白(S蛋白的前半部分)的相似度却猛降为69%。这决定了从CoVZC45到新冠的“演变”,是一个极不均衡、极为罕见、非常非常不自然的“自然进化”过程。而且,这一“自然进化”过程,居然只用了几年的时间就完成了(如果从姐妹病毒发现的时间算起)。

自然界的冠状病毒约有一百种,绝大多数天然冠状病毒不能进入人体细胞,无法感染人类。大自然设置了冠状病毒的传播屏障:将S1蛋白决定宿主感染能力的重要部位设置为高度保守区域,这些部位的氨基酸通常不会发生突变。S1蛋白重要部位的稳定性使绝大多数冠状病毒在漫长的岁月里始终无法跨越S1蛋白的进化天堑,只能感染固定的动物宿主,难以跨物种传播,感染人类。

冠状病毒能否进入宿主细胞,感染宿主,取决于它有没有打开宿主细胞的“钥匙”。如果有匹配的细胞钥匙,它就能与宿主细胞表面的相关受体(相当于细胞锁)结合,继而进入宿主细胞。冠状病毒的细胞钥匙就是它的S蛋白,即Spike蛋白,也叫刺突蛋白。刺突蛋白包括相连的两个部分(两个亚基),最外部的是S1蛋白,S1蛋白与病毒包膜之间的是S2蛋白。S2蛋白相当于细胞钥匙的手柄部分,S1蛋白则相当于钥匙的齿面部分。S1蛋白中有一个区域叫做受体结合域(Receptor Binding Domain),简称RBD,是S1蛋白与细胞受体发生接触的部分,RBD就相当于齿面外侧的钥齿部位。RBD中有五个关键位置,它们决定刺突蛋白钥匙能否与宿主细胞表面的受体结合,这五个关键位置上的氨基酸就是决定能否打开宿主细胞的关键钥齿。






S1蛋白与宿主细胞受体(如ACE2)结合成功后,病毒可进而通过“胞吞”(如Sars-Cov)或“膜融合”(如Sars-Cov-2)两种方式之一进入宿主细胞。

可感染人类,并产生疾病症状的冠状病毒已知有7种,其中包括SARS(Sars-Cov)和新冠(Sars-Cov-2)。除这7种病毒外,还有两个很特别的冠状病毒:rsSHC014和rs3367,它们也能与人体细胞受体ACE2(Angiotensin Converting Enzyme2,血管紧张素转换酶2)结合,继而进入人体细胞,但却不会使人发病,而且对人体无害。

RsSHC014,也称作SHC014-Cov或SHC014病毒,GenBank ID为: KC881005.1。

rs3367,也叫WIV1病毒(SL-CoV-WIV1),GenBank ID为: KC881006.1。前面第二个贴图中出现过这个病毒。

RsSHC014、rs3367都搜集自云南昆明中华菊头蝠(亦称中华马蹄蝠)的肠道与粪便样本,其病毒株分离获得时间同为2011年4月,它们的基因序列上传至国际基因库的时间同为2013年4月。

RsSHC014、rs3367与SARS-CoV的基因组相似度均为95%,被认为极可能是SARS-CoV的自然进化来源。rs3367的RBD(Receptor Binding Domain,受体结合域)与SARS-CoV接近程度相当高,在RBD与宿主受体ACE2直接接触的14个位点中,rs3367与SARS-CoV在11个位点上氨基酸相同,虽然另有三个位点氨基酸不同,但rs3367仍能与hACE2(Human ACE2)良好结合并进入人类细胞。相比之下,在RBD14个直接接触位点中,RsSHC014与SARS-CoV在7个位置上氨基酸不同,但2015年秋拉尔夫·S·巴里克、Vineet D Menachery、石正丽、葛行义等人的著名实验证明,另外7个位点的相同氨基酸已经足以确保RsSHC014的刺突蛋白与hACE2结合。

rs3367是一种极不寻常的的冠状病毒,它具备强大的跨物种传播能力,它能感染的动物包括:人类、果子狸、貉、恒河猴、雪貂、水鼬、猫、蝙蝠、老鼠。

rs3367和RsSHC014是冠状病毒领域的重要研究对象,对它们的研究主要聚焦于其Spike蛋白,即刺突蛋白,到2016年春,对这两个病毒刺突蛋白的研究已经相当透彻。列举几个与rs3367或RsSHC014紧密相关的研究工作。

2013年10月, 石正丽、Peter Daszak、葛行义等人发表了一篇重要论文:”Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor”,论文地址:https://www.nature.com/articles/nature12711

该论文对rs3367(实验使用的SL-CoV-WIV1与rs3367有99.9%的序列一致性,本文将它们视作同一病毒)进行了深入研究,证实了rs3367或WIV1具有跨物种传播能力:可与细胞的ACE2受体结合,并以此进入人类、果子狸、中华马蹄蝠的细胞。该论文证实了,自然界中存在与Sars-Cov一样可跨物种传播的类Sars冠状病毒,它被认为是Sars-Cov起源于自然界的有力证明。

2015年11月,Ralph S Baric、Vineet D Menachery、石正丽、葛行义等人发表了著名的病毒合成实验论文,参与论文的包括美国、中国、瑞士三国的大学、研究机构、政府部门。论文地址:
www.nature.com/articles/nm.3985

这次研究最重要的实验成果是,用RsSHC014的刺突蛋白和Sars-Cov-MA15(一种实验室多次传代培育的可感染并使小鼠致病的Sars-Cov病毒变异体)的病毒主干合成了一种人工改造病毒,把不能使人、鼠发病的RsSHC014改造成了可使人、鼠致病,可使实验小鼠致死的危险嵌合病毒SHC014-MA15。这次实验为改造致病性病毒开创了道路,SHC014-MA15相当于Sars-Cov-2的一个早期原型,它们的基本原理是相同的,区别在于,Sars-Cov-2比SHC014-MA15技术上更复杂,功能更丰富、强大,也更具“自然进化”伪装性。

2016年3月,Ralph S. Baric、Vineet D. Menachery等人又发表了一篇研究rs3367(WIV1)的论文。论文地址:https://www.pnas.org/content/113/11/3048

这一次,研究者们用rs3367的刺突蛋白与Sars-Cov-MA15合成了另外一种嵌合病毒WIV1-MA15。实验证明,WIV1-MA15能够感染人体细胞,在呼吸道、体内大量复制并使人发病,但症状不及Sars严重。这是Ralph S. Baric、Vineet D. Menachery等人又一次使用嵌合方式改造出人类致病病毒,他们再一次研究了实验室改造病毒对人类的致病能力,以及对该病毒应用抗体治疗的效果。

上述两篇论文的第一作者都是Vineet D. Menachery,通讯作者都是Ralph S. Baric。二人都是北卡罗来纳大学教堂山分校的病毒学家、生物医药学家,同时,他们也都是瑞得西韦(Remdesivir)的研发人员。

从上述两篇病毒嵌合相关的论文我们可以得到一些启示。实验室改造病毒,使之跨物种传播的首要环节是换钥匙或配钥匙,也就是把不能打开人体细胞(即不能与人类细胞受体结合)的刺突蛋白(如CoVZC45或CoVZXC21的刺突蛋白),替换或改造成可打开人体细胞的刺突蛋白(如Sars-Cov、rs3367、rsSHC014的刺突蛋白)。要得到一把好用的“钥匙”,可以把钥匙整个换掉,也可以只换齿面或只修磨钥齿。可以只处理关键的几个钥齿,也就是改造刺突蛋白RBD(Receptor Binding Domain)中的五个关键氨基酸。

作了很长的铺垫,现在可以说新冠的五个关键氨基酸与rs3367、rsSHC014、Sars-Cov、CoVZC45的关键氨基酸之间的关联了。

新冠刺突蛋白RBD的五个关键氨基酸依次为:亮胺酸L(451),苯丙胺酸F(482),麸酰胺酸Q(489),天门冬酰胺N(497)和酪胺酸Y(501)。氨基酸名称、缩写字母后的数字是该氨基酸在刺突蛋白的氨基酸序列中的序号。

CoVZC45对应位置上的五个关键氨基酸为:丝氨酸S(446),空缺,丝氨酸S(470),缬胺酸V(478),酪氨酸Y(482)。这二个病毒关键氨基酸的对照情况如下图:



不难发现,CoVZC45与新冠只有第五个关键氨基酸相同,同为酪氨酸Y,而且,CoVZC45第二个关键钥齿氨基酸缺失!如果CoVZC45要进化为新冠,它必须:
在第二个关键位置处突变增生出一个苯丙胺酸F;
将第一个关键钥齿-丝氨酸S(446)突变、进化为亮胺酸L;
将第三个关键钥齿-丝氨酸S(470)突变、进化为麸酰胺酸Q;
将第四个关键钥齿-缬胺酸V(478)突变、进化为天门冬酰胺N;
保持第五个关键钥齿-酪胺酸Y不变。

另外,可以看到,两个病毒S1蛋白关键钥齿有一定的序号错位,这是CoVZC45的刺突蛋白氨基酸序列相对较短造成的,这需要CoVZC45变异增生出一定数量的氨基酸,消除氨基酸序列长度差异及氨基酸序号错位,这无疑将加大CoVZC45进化为新冠的难度。

下面看看Sars-Cov、rs3367、rsSHC014这三个病毒的关键钥齿情况:
Sars-Cov的五个关键氨基酸为:酪氨酸Y(442),亮胺酸L(472),天门冬酰胺N(479),苏胺酸T(487),酪氨酸Y(491);
rs3367的五个关键氨基酸为:丝氨酸S(443),苯丙胺酸F(473),天门冬酰胺N(480),天门冬酰胺N(488),酪胺酸Y(492)。
rsSHC014的五个关键氨基酸为:色胺酸W(443),脯胺酸P(473),精胺酸R(480),丙胺酸A(488), 组胺酸H(492)。
提请读者们注意,精胺酸R、麸酰胺酸Q是一对理化性质相似,可以互相替换,不会显著影响受体结合性的氨基酸;组胺酸H与酪胺酸Y也是一对理化性质相似,可以互相替换,不会显著影响受体结合性的的氨基酸。

将五个病毒的关键钥齿情况汇总于下表。



从上表容易观察到:
1。在第五关键钥齿位置,前四个病毒的氨基酸都是酪胺酸Y,rsSHC014的相应氨基酸虽然是组胺酸H,但它与酪胺酸Y是可相互替换的氨基酸钥齿。这也许表明,在五个关键钥齿中,第五钥齿最核心,也最保守,是决定人类感染能力的最重要的一个钥齿氨基酸;
2。新冠的第五关键钥齿、第四关键钥齿、第二关键钥齿都与rs3367的对应关键钥齿相同,也就是说,新冠有三个关键钥齿和rs3367相同;
3。新冠的第三关键钥齿麸酰胺酸Q虽然与其它四个病毒都不相同,但它与rsSHC014的第三关键钥齿精胺酸R是可相互替换的氨基酸。

新冠的第一关键钥齿亮胺酸L的来历渊源还没有完全调查清楚。第一关键钥齿可能没有特别的参照来源,它可能是基于另外四个关键钥齿,从某一候选范围中选择、试验出来的。如果以某一候选氨基酸+其它四个关键钥齿的组合构造的RBD与人体细胞受体适配,那么该候选氨基酸就可以作为第一关键钥齿。

粗略考虑一下第一关键钥齿的候选范围。

五个病毒中,只有CoVZC45的刺突蛋白打不开人体细胞,其它四种病毒的刺突蛋白对人体细胞(受体锁)都有效。从上图第二列可见,除CoVZC45外,其它四个病毒的第一关键钥齿,相应的四个氨基酸依次是:亮胺酸L(Sars-Cov-2)、酪胺酸Y(Sars-Cov)、丝氨酸S(rs3367)、色胺酸W(rsSHC014)。

这四种氨基酸中,亮氨酸L,色氨酸W是电荷分布均匀的非极性氨基酸,丝氨酸S,酪氨酸Y则是不带电荷的极性氨基酸。也就是说,这四种能感染人的病毒,它们的关键钥齿氨基酸都是电荷分布均匀或电荷中性的,它们的电场、电离属性接近。

因此,可以先从电荷分布均匀或不带电荷的氨基酸中选择候选的新冠第一关键钥齿,符合这一条件的氨基酸共15种。这个范围可能偏大,可以考虑其它条件,先在更小的范围内选择。如,以Sars-Cov的第一关键钥齿-酪胺酸Y为基准,挑选与它的范德华半径差<=20,且疏水性、酸碱性相同的氨基酸。符合这一条件的氨基酸有4种:甲硫胺酸、亮胺酸、异亮胺酸、苯丙胺酸,最终入选新冠第一关键钥齿的亮胺酸也在其中。通过上述思路来挑选新冠第一关键钥齿,从而确定新冠的全部五个关键钥齿是完全可行的。

如果新冠是由CoVZC45自然进化产生的,那么,CoVZC45在五个关键钥齿部位的进化情况是:
在第二个关键钥齿处突变增生出与rs3367对应位置相同的苯丙胺酸F;
第四关键钥齿缬胺酸V(478)突变、进化为与rs3367第四关键钥齿相同的天门冬酰胺N;
第三关键钥齿丝氨酸S(470)突变、进化为与rsSHC014第三关键钥齿精胺酸R可互相替换的麸酰胺酸Q;
第一关键钥齿丝氨酸S(446)突变、进化为亮胺酸L;
保持第五关键钥齿酪胺酸Y(482)不变(但它的位置序号将变为501,它的前面将有若干新增生的氨基酸)。

上述四项突变、进化都发生在刺突蛋白的高度保守区域,通常,高度保守区域内的氨基酸是很少发生突变的。不论其它位置的突变,仅四个关键钥齿的突变,及其位置序号的准确改变,就是几十年、几百年、几千年。。。所无法完成的,更何况这四个关键钥齿不是随机突变成什么都行,而是各自都要变化成确定的氨基酸。

还有,舟山群岛冠状病毒CoVZC45,怎么偏巧就进化出了和云南冠状病毒rs3367、rsSHC014相同或可替换的关键钥齿?而这两个病毒,恰巧又是病毒学家们反复研究、实验过,对其了如指掌的病毒。该如何解释这些巧合?这样偶然又偶然的事,自然发生的几率有多大?

新冠决定人类感染能力的五个关键氨基酸不是随机突变、进化产生的,它们是基于明确的参照物rs3367、rsSHC014,人为设计,定向挑选、试验的结果。



简单概括一下,新冠五个关键钥齿可能的确定过程:
1。以参照病毒rs3367的五个关键钥齿为新冠关键钥齿的初始原型,并保持第五、第四、第二关键钥齿不变;
2。尝试替换掉第三关键钥齿-天门冬酰胺N。实验发现,参照病毒rsSHC014的第三关键钥齿精胺酸R,以及与精胺酸R可相互替换的麸酰胺酸Q均可作为替代者,换入新的第三关键钥齿后,RBD仍能与人体细胞受体良好结合。以麸酰胺酸Q为新冠的第三关键钥齿。
3。尝试替换掉第一关键钥齿-丝氨酸S。如前所述,在适当的范围内选择、试验候选氨基酸。实验发现,以亮胺酸L替换丝氨酸S后,RBD仍能与人体细胞受体良好结合。以亮胺酸L为新冠的第一关键钥齿。
至此,新冠的五个关键钥齿都已确定。

对比Sars-Cov 、新冠的五个关键氨基酸、RBD及hACE2结合效果:
1。新冠与Sars-Cov的五个关键钥齿氨基酸只有第五个相同,其它四个都不相同,但这四对相异氨基酸每一对的疏水性和静电极性都非常相似;
2。虽然有四个关键氨基酸不同,但两者RBD(受体结合域)的3-D结构几乎没有明显差异,或者说,两者RBD的空间形态高度同构;在与人类受体的接触界面上,两个RBD结构体的范德华力(一种分子间的电性引力)和静电作用效果非常相似;
3。与SARS一样,新冠的RBD也能与人类细胞受体ACE2发生强相互作用并良好结合,新冠具有不亚于SARS的人体细胞感染能力。


SARS-Cov与Sars-Cov-2刺突蛋白关键氨基酸异同,及空间结构示意图

与新冠、Sars-Cov二病毒RBD空间结构及受体结合能力有关的两篇论文。

论文一。2020年1月21日,来自中国科学院上海巴斯德研究所等单位的徐心恬、陈萍、王靖方等学者在SCIENCE CHINA Life Sciences(《中国科学:生命科学》)上发表了一篇论文,题为“源于武汉爆发的新型冠状病毒的进化及其棘突蛋白对人类传播风险的建模”(Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission)。论文地址为:
link.springer.com/cont...1637-5.pdf

论文指出:
a)尽管新冠与SARS-CoV二者S蛋白的总体同源性较低,但二者的RBD区域却有较高的同源性;
b)令我们惊讶的是,尽管替换了五个重要的界面氨基酸残基中的四个,但新冠仍与人体ACE2有着显著的结合亲和力;
c)进一步观察发现,新冠的S蛋白和SARS-CoV的S蛋白在RBD域具有几乎相同的三维结构,在相互作用界面上保持了相似的范德华力和静电性质。   

论文二。2020年2月19日,美国德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S McLellan团队,及国家过敏和传染病研究所的研究人员在Science杂志上联合发表了题为“Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation”的论文。论文地址为:
science.sciencemag.org.../6483/1260

论文指出:
a) 2019-nCoV与SARS-CoV的RBD存在一定的构象差异,但当按某一角度对齐时,二者就呈现出较高程度的结构同源性。
b) 两种病毒的S1蛋白与ACE2的复合体非常相似;
c) 2019-nCoV的S1蛋白与ACE2的结合亲和力是Sars-Cov的10-20倍。

最后,我们将关键钥齿的确定过程延展,设想一下新冠实验室改造的可能流程:
将CoVZC45的主干与Sar-Cov(或rs3367、rsSHC014)的(扩展)RBD嵌合,得到新冠的原型病毒。原型病毒已具备感染人的能力;
参照rs3367、rsSHC014的关键钥齿氨基酸,修改原型病毒的关键钥齿氨基酸,确定新冠最终的五个关键钥齿氨基酸;
参照rs3367、rsSHC014、Sars-Cov等病毒的RBD及S1蛋白,编辑新冠RBD及S1蛋白的其它位置,模糊嵌合操作痕迹;
进行其它功能增益(Gain-of-Function)改造,包括复制能力、扩散能力增强,设计、实现免疫破坏力、抗免疫能力、免疫干扰能力等等;
进行其它实验室改造痕迹模糊化修饰。

关于新冠的功能增益,我去年的一篇文章“新冠君,你额头的Lab金印洗得掉么?”的第3~第6部分中有一些总结,有兴趣的读者可参考。
 
(2)
花篮
分享


上一次由TakeEasy于2021-6-11 13:21修改,总共修改了1次
沙发 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 为应对经济威胁,卑诗省府始终立场坚定——努力减轻成本上涨的压力,发展多元化经济,并增加住房和医疗护理服务。
TakeEasy
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 13:26 引用回复
火是从厉害你的家开始烧的,你家的火扑灭了,有损失但损失没有邻居大,邻居想知道你是不是故意的,还是小孩玩火不小心引起的,还是天灾打雷引发的,还是其它邻居到你家放的火。

对被火烧到的邻居想知道原因不过分吧?

但是,你家不是想办法消除邻居的疑虑,在第一时间开门认消防专家看一看,而是在一年多的时间内,不让消防专家检查,同时对要检查的邻居大打出手,同时到处散播谣言--是A邻居放的火。

这个厉害的家无耻到这种地步也是醉了。

@teddybearwan @lcheung123 @温东小兵 你们认为呢?
 
(3)
花篮
分享
板凳 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 温哥华Lipont Place力邦艺术港:活动场地租赁,拍摄场地租赁!
KoolAid
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 13:33 引用回复
就是不配合调查   
反正病毒是美军的... 美军的... 美军的...
(像山谷的回音萦绕在脑海中)

这算遇到无赖了吧
 
花篮 (1)
分享
地板 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 Richmond Signature 马自达精选车型利率0%, 再加$特别折扣!
GPS2000
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 14:13 引用回复
邪恶,不是研究治病救人,而是研究如何更加容易感染,杀伤力更大。

这就不是科学研究,就是研制生化武器了。
 
(2)
花篮 (1)
分享
5 楼 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 振龙电器—名牌家电专营店,品种齐全,价格最优!
发贴赚镑
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 14:17 引用回复
盖子总有揭开的时候
 
(1)
花篮 (1)
分享
_________________
不和杠精抬杠,不和白痴争辩,不和小人论长短,埋头发帖,做好自己的加西本职工作,发贴赚磅。
6 楼 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 口水直流!加西网推出大温餐馆点评!发评论就可挣加西镑!
四季豆
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 14:18 引用回复
真相总有大白的一天的
 
花篮 (1)
分享
_________________
🍁🌸❄🌙
7 楼 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
论坛广告 温哥华金钥匙会计事务所,收费低标准,服务高质量!
snowthor
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 14:24 引用回复
看不懂洗不动只能

 
花篮 (1)
分享
8 楼 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
TakeEasy
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 15:33 引用回复
KoolAid 写道:
就是不配合调查   
反正病毒是美军的... 美军的... 美军的...
(像山谷的回音萦绕在脑海中)

这算遇到无赖了吧

要无赖也要讲究策略,但加速师、战狼们都没文化,只能倒在地上耍赖。
 
(1)
花篮
分享
9 楼 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
TakeEasy
(只看此人)



文章 时间: 2021-6-11 15:34 引用回复
GPS2000 写道:
邪恶,不是研究治病救人,而是研究如何更加容易感染,杀伤力更大。

这就不是科学研究,就是研制生化武器了。

某厉害国,也知道病毒没办法伪装
 
花篮
分享
10 楼 | 返回顶端
阅读会员资料 发送站内短信 主题 User photo gallery 礼物  
 
回复主题     |##| -> |=|     论坛首页 -> 温哥华不眠夜 所有的时间均为 美国太平洋时间
1页,共10 分页: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10  下一页  


注:
  • 以上论坛所有发言仅代表发帖者个人观点, 并不代表本站观点或立场, 加西网对此不负任何责任。
  • 投资理财及买房卖房版面的帖子不构成投资建议。投资有风险,责任请自负
  • 对二手买卖中的虚假信息,买卖中的纠纷等均与本站无关。
  • 不能在本论坛发表新主题
    不能在本论坛回复主题
    不能在本论坛编辑自己的文章
    不能在本论坛删除自己的文章
    不能在本论坛发表投票
    不能在这个论坛添加附件
    可以在这个论坛下载文件

    论坛转跳: 

    TakeEasy, TakeEasy, TakeEasy, KoolAid, GPS2000, 发贴赚镑, 四季豆, snowthor, TakeEasy, TakeEasy
    潜力帖子 精华帖子 热门帖子
    卡尼当选第一次记者会还是很有新意滴
    中国割让2万平方公里土地给 巴基斯坦
    我家草莓
    俄军新装备
    一大早起来感觉还挺凉的
    会普通话?加拿大政府招人年薪12万
    乌克兰矿区变飞地
    几个小丑闹独立。原住民说了,这不...
    芦笋好贵
    区别
    辛普森杀妻案
    大统华的龙眼
    来了!阿省代表联系川普 讨论成为美...
    BC希望独立的人占28%
    退休
    5月2日换币盛况
    维达大师,另类收藏,请您欣赏!
    清代福州台伏钞票
    四川官钱局钞票
    大汉四川军政府军用银票
    今年新币发行计划
    要出一个新的一元
    古董金币
    mint三月新币(四月新币从22楼起)
    1999 mule 25分
    2025 蛇年敲币活动
    加拿大新总理马克卡尼
    我在小红书被骂穷得没钱给孩子买衣服
    美国2025年AWQ(美国妇女25c)发行计划
    韩国空难FDR黑匣子缺失最后四分钟关...
    皮尔今天在温哥华 - 蓝色wave - 保...
    几分钟前,中国强硬反击,征34+50,...
    曼谷高楼直接倒了
    我说我希望特朗普赢,老公气得眼睛...
    知乎?加西网上为什么有老男人喜欢...
    明明有能力统台,大陆为何迟迟不动手?
    貌似ndp稍占上风。。。。。
    今天是感恩节,跟大家道个别,以后...
    咱最后还是投了ndp
    生平第一次被偷车了
    中国会不会武统台湾
    突发:台湾队战胜中国队奥运夺冠,...
    温哥华房姐出事了
    有在看总统辩论的吗?
    退休几年后的感悟

    最新新闻 热门新闻 热评新闻
    虚惊一场?川普还没决定这件大事
    五一民宿退订潮,整疯了多少房东?
    7岁男孩偷开妈妈SUV拉小妹去麦当劳
    重刷率最高的5部古装剧,可别说你一部也没看过?
    实拍大温这公园盛开的紫藤花瀑布
    协和4+4之后,北大医学部被曝更狠丑闻
    加国华人车主怒怼占位大妈 遭种族歧视+恶毒诅咒
    又一国收紧规定 拒绝中国货借道转运美国
    研究:每天11分钟就能降低早逝风险
    卡尼前往美国 特朗普称不确定谈啥
    影片疯传:游客与假川普合影 小粉红大妈崩溃
    小飞机坠毁砸中豪华社区民宅致2死
    大温出租车司机酒驾 代价有些太大
    判马加爵孙小果死刑的主审法官 也成杀人死囚犯
    被美11所大学拒收的北京高考状元,他如今怎样了
    重大死亡事故后 小米汽车悄悄将智驾改名了
    游夏威夷得多花钱!全美首推环保住宿税 明年实施
    情侣潜水员在珊瑚礁激战 影片曝光遭网友挞伐
    美边境城镇濒崩溃 当地人:为什么不并入加拿大呢?
    NDP选举惨败 今晚要选出临时党魁
    63岁陈冲时尚大片封神 湿发配豹纹显风情万种
    美国男中近两亿美金彩票,4天后命运却急转直下
    "跳梁小丑"李玉刚跌落神坛 不再被世界宽容
    70岁米歇尔表白52岁巩俐:嫁给我 我年入5亿
    诺奖都拿过了 屠呦呦为何始终没成为中国两院院士?
    iPhone 20周年纪念版曝光,外观形态完全变了
    川普指俄乌"充斥巨大仇恨" 美国或无法促成停战
    旅行积分被盗买 加国夫妇反而吃瘪
    南京医院做试管婴儿 "精哥"外貌学历任选 卫健委彻查
    美网红海上开趴!游艇「说沉就沉」竟都在自拍
    "气疯了!"给特朗普投票的美国年轻人开始倒戈
    纽约华人集会:中共跪下 让十几亿中国人站起来
    全加国油价低位徘徊 大温是个例外
    越南与美国关税谈判在即,首轮对话定于5月7日
    加国最大城市待售公寓惊人 特别是
    美边境城镇濒崩溃 当地人:为什么不并入加拿大呢?
    情侣潜水员在珊瑚礁激战 影片曝光遭网友挞伐
    63岁陈冲时尚大片封神 湿发配豹纹显风情万种
    美国男中近两亿美金彩票,4天后命运却急转直下
    "跳梁小丑"李玉刚跌落神坛 不再被世界宽容
    NDP选举惨败 今晚要选出临时党魁
    70岁米歇尔表白52岁巩俐:嫁给我 我年入5亿
    诺奖都拿过了 屠呦呦为何始终没成为中国两院院士?
    iPhone 20周年纪念版曝光,外观形态完全变了
    川普指俄乌"充斥巨大仇恨" 美国或无法促成停战

    更多方式阅读论坛:

    Android: 加西网
    [下载]

    Android: 温哥华论坛
    [下载]

    PDA版本: 论坛

    加西网微信

    加西网微博


    Powered by phpBB 2.0.8
    Terms & Conditions    Privacy Policy    Political ADs    Activities Agreement    Contact Us    Sitemap    

    加西网为北美中文网传媒集团旗下网站

    页面生成: 0.0748 秒 and 5 DB Queries in 0.0025 秒