根據1957年7月2日正式宣布的《馬來亞聯合邦憲法》，馬來亞聯合邦為君主立憲制國家，沿襲大英帝國的政治傳統。1963年馬來西亞成立後，將1957年憲法改名為馬來西亞憲法，繼續沿用。[82]憲法的規定，奠定了馬來西亞政治發展的基礎。[83]

馬來西亞國家元首為最高元首，由九個馬來州屬的馬來統治者在統治者會議中選出，任期5年；其他四州則由州元首統治，並未參與這個最高元首選舉。最高元首依首相的建議行使其職權，並擁有任命首相、拒絕批准和解散國會等裁量權，同時也是武裝部隊名義上的最高統帥。

立法權區分為聯邦與各州立法機構。馬來西亞最高立法機構為國會，由下議院和上議院組成[84][85][85]。下議院有222個議席，議員在全國大選由人民選出，任期5年。上議院有70名議員，其中44名由首相推薦給最高元首任命，另外26名由各州立法議會推派兩名，任期3年[86]。議會依循簡單多數制進行選舉，馬來西亞根據憲法實行多黨制的政黨制度，但實際實行的卻並非典型的多黨制，而是一種由幾個政黨聯合組成政黨聯盟執政的制度。這種政黨聯盟形式最早出現於1955年4月馬來亞聯邦獨立前，當時的巫統、馬華公會和馬印國大黨為謀求馬來亞的獨立成立了“聯盟”，1957年馬來亞聯邦獨立後，“聯盟”即成為執政黨；1965年4月，為壯大力量，聯盟同東馬兩州的“聯盟黨”結盟，組成了“馬來西亞聯盟”；1969年，聯盟在大選中失利，後進行調整組建了一個新的政黨聯盟即國民陣線，從此在歷次大選中都穩操勝券，一直到2018年5月9日大選才落敗。國民陣線當初成立時有巫統、馬華公會、印度人國大黨等9個政黨組成，後來政黨的數目偶有增減變動，經過2018年大選後只剩4個成員黨。各成員黨保持相對的獨立性，但受各成員黨主席組成的國民陣線最高理事會領導，國民陣線的主席一般由巫統主席兼任。在大選中，各成員黨以共同的政治主張和競選宣言參加競選，加強團結和戰斗力，這使得國民陣線成為馬來西亞最強大的執政黨聯盟。在以往的歷次大選中，盡管朝野政黨都展開了激烈的競爭，但基本上一直由巫統為首的政黨聯盟獲得大部分的議席，但是第十二屆馬來西亞大選，全國出現一場政治大海嘯，國陣承受前所未有的打擊，喪失國會議席三分之二的多數，更丟了五個州政府的控制權，反對派首次出現與執政聯盟抗衡的局面。至2015年為止，馬來西亞的“兩大政治陣營”，為反對派人民聯盟（民聯）和執政聯盟國民陣線（國陣）。2015年9月22日，民聯解散，由希望聯盟取而代之，並在2018大選中獲勝成為執政聯盟，並取得除玻璃市、吉打、霹靂、雪蘭莪、馬六甲、森美蘭、柔佛、檳城與沙巴，共10州的政權。馬來西亞反對派按時任政府內閣的形式組建而成，設有與時任政府各部門對應的“影子內閣”。其成員將扮演制衡政府的角色，同時進行“政策監督”、擬定替代政策。

馬來西亞最高行政機構為內閣，由首相領導。首相由最高元首從國會下議員中任命，通常由下議院多數黨領袖擔任[87]。2020年代初引發一系列政治危機，在政變下更迭兩次政權，由國陣重歸政權，2022年馬來西亞大選後首次出現希盟和國盟在下議院懸峙政局。

馬來西亞的司法機構獨立於行政與立法機構[88]。最高司法機構為聯邦法院。最高法院於1985年1月1日正式成立，在這之前馬來西亞案件可上訴到英國的樞密院。1994年6月最高法院改名為聯邦法院。同時，聯邦法院之下，也設立了上訴庭，緊接著為高庭（高等法庭），高庭可分為馬來亞高級法院（負責馬來西亞半島）和婆羅洲高級法院（負責東馬）[89]，各州設有地庭（地方法庭），州內的區又設有推事庭。另外還有特別軍事法庭和穆斯林事務法庭（受穆斯林事務回教法令管制，馬來西亞人普遍稱為“伊斯蘭法庭”）。馬來西亞的司法體系是以英國法為基礎[86]。

兩（邦）與十一個州中的九個馬來州屬各由一名世襲的馬來統治者為元首，各州統治者稱謂不同，為蘇丹、拉惹或嚴端，而非馬來州屬（檳城和馬六甲）、邦屬（沙巴和砂拉越）州元首由最高元首任命。各州設立州政府和州議會，州議會兩次大選間隔不超過5年，馬來西亞除了砂拉越，其他各州的州議會選舉通常與全國大選同時舉行；但在未來馬六甲和沙巴因提早解散議會也將不會同時與國選進行，而是在5年屆滿後旅行。各州由州務大臣（馬來州屬）或首席部長（非馬來州屬）管理行政，由各州元首從州議員中任命，通常由州議會多數黨領袖擔任。

種族因素在馬來西亞政治扮演重要角色。政府所推行的新經濟政策[64]與1990年取代前者的國家發展政策，用以加強馬來西亞土著的地位。這些政策提供各種優惠待遇給馬來人，包括就機會、教育、獎學金、商業經營，以及以優惠價格購買住宅。雖然這些政策改進馬來人的經濟地位，但卻招來部份人的不滿，認為這使華人和印度人成為二等公民[90]。

馬來西亞的外交政策是依據中立原則，並與各種政治體制的國家維持和平關系。馬來西亞尋求進一步發展與區域各國的關系，馬來西亞政策的強力信條就是國家主權，以及該國控制內政的權利[92]。

馬來西亞對世界各國都保持一定的外交關系，與各國都相處融洽，除了以色列。而馬來西亞的護照中也有清楚的指示，馬來西亞國民不准擅自入境以色列，除非事先取得特殊許可。

馬來西亞是東南亞國家聯盟（ASEAN）[93]與伊斯蘭合作組織的創始國[94]。並參與許多國際組織，例如聯合國[95]、亞洲太平洋經濟合作會議[96]、發展中八國組織[97]以及不結盟運動（NAM）等[98]。馬來西亞曾擔任東盟、伊斯蘭會議組織與不結盟運動的主席國，也曾擔任聯合國安理會的非常任理事國。由於馬來西亞過去曾是英國殖民地，因此馬來西亞也是英聯邦的成員國之一[99]。

曾考慮加入聯邦之州屬

馬來西亞一共由2個邦屬（馬來語：Wilayah）州（馬來語：Negeri）和3個聯邦直轄區（馬來語：Wilayah Persekutuan）組成。州下設有縣（馬來語：Daerah），婆羅洲邦屬的兩邦省（馬來語：Bahagian）省下設縣（馬來語：Daerah）縣下設副縣（馬來語：Daerah Kecil），巫金或稱鄉（馬來語：Mukim），而部分州也設有副縣（馬來語：Daerah Kecil），擁有較大的自治權利。