莫拉克台风挟带50年罕见豪雨重创南台湾，灾情惨重。根据台灾害应变中心最新统计，截至11日晚间8时止，莫拉克台风造成全台62人死亡、57人失踪、35人受伤；但高雄县小林村等受土石掩埋地区，因状况未明，尚未列入伤亡统计。

莫拉克对农渔业造成重大损害，全台农损新台币72亿5977万元，是19年来农损第四惨重，仅次于1996年的贺伯台风180亿，2005年海棠台风77亿，2007年柯罗莎台风76亿。渔产损失金额达29亿7709万元，为民国80年以来最高。